Higlass1 Higlass Hi-C data를 처음 다룰 때 보면 너무나도 다양한 tool들이 있어 머리가 좀 복잡해지지만, 읽다 보면 Jucier를 이용하거나 또는 Hic-pro를 이용하는 크게 두 가지 갈래로 나누어지는 것 같다. 둘 다 reference genome의 여러 bin으로 표시한 다음, Bowtie2를 이용하여 PE(pari-end) read를 붙이고, 그 bin 내부 또는 bin과 bin 사이의 interaction을 counting 하고 visualization 하는 형식이다. 따라서 설정하는 bowtie2의 parameter에 따라 binding 정도가 달라지며 그 결과는 QC results에서 확인할 수 있다. Pipeline analysis가 끝났을 때 Jucier의 경우 contact map output.. 2023. 8. 18. 이전 1 다음