Cigene4 CIGENE online seminar series. CIGENE group에서는 학기에 6-7명의 발표자를 초청하여 2주 간격으로 seminar를 진행하며, 주제는 유전학, 생물정보학이 주를 이루지만, 가끔은 그룹에서 관심이 있는 테마를 바탕으로 초청을 하기도 한다. 이번 가을 학기에는 교수님을 대신하여 박사 학생들과 seminar를 준비하면서 몇 가지를 느낀 점이 있어 정리해 보고자 한다. 1. 누구를 초청할 것인가? 2. 어떻게 많은 사람들에게 홍보하고, 참가를 독려할 것인가? 3. 질문은 미리 준비하도록 하자. (Presentation이 끝나고 질문이 없으면, 그 사이의 침묵의 시간이 아주 길게 느껴진다, 그래서 진행을 해야 한다면 질문을 미리 준비하는 것이 좋아 보인다 / 질문은 general 하게 시작하여도 상관없는 것 같다. 사람들에게 생각할 .. 2023. 11. 22. Higlass Hi-C data를 처음 다룰 때 보면 너무나도 다양한 tool들이 있어 머리가 좀 복잡해지지만, 읽다 보면 Jucier를 이용하거나 또는 Hic-pro를 이용하는 크게 두 가지 갈래로 나누어지는 것 같다. 둘 다 reference genome의 여러 bin으로 표시한 다음, Bowtie2를 이용하여 PE(pari-end) read를 붙이고, 그 bin 내부 또는 bin과 bin 사이의 interaction을 counting 하고 visualization 하는 형식이다. 따라서 설정하는 bowtie2의 parameter에 따라 binding 정도가 달라지며 그 결과는 QC results에서 확인할 수 있다. Pipeline analysis가 끝났을 때 Jucier의 경우 contact map output.. 2023. 8. 18. Orion High Performance Computing (OHPC) 연구원으로 있는 NMBU (Norwegian University of Life Sciences)에는 bioinformatic 분석을 위해 cluster를 구축하고 있으며, 현재 1680개의 CPU와 12T의 Ram 그리고 1 petabyte의 저장 공간을 가지고 있다. CIGENE computational unit | CIGENE Orion이라 부르는데 (data를 사냥하는 목적이라 그런가…? 이름의 기원은 모르겠다.), 거대 데이터 분석에 대한 전문 지식이 전혀 없는 상태에서 시작하다 보니 정말 복잡하였지만, 이제는 조금 편해진 이 Orion에 대해 이야기 해보고자 한다. Orion은 Linux 기반 서버로, 자신의 computer에서 secure shell (SSH)을 이용하거나 JupyterHub를.. 2023. 7. 24. Chromosome conformation capture_#1 우선 데이터 분석에 앞서, Chromosome conformation capture이 무엇이고 왜 중요한지에 대해 이야기하고자 한다. 지난 수십여 년간 엄청난 발전을 거듭하고 있는 sequencing technology들로 인해 우리는 유전자 서열에 대한 정보를 높은 해상도로 이해하기 시작하였다. 그로 인해, 유전자 염기서열의 변이들이 미치는 영향들에 대해 많은 정보들 얻게 되었지만 더불어 염기 서열의 특성이나 후성유전학으로 설명하기 어려운 현상들 또한 발견하게 되었다. 특히 인간 전체 염기서열의 98%를 차지하는 non-coding region에서 일어나는 변이가 어떠한 원인으로 표현형에 영향을 미치는지에 대해 많은 노력을 기울이기 시작하였다. 그러면서 promoter, enhancer, motif 등.. 2023. 7. 23. 이전 1 다음
