transfection factor foot printing analysis1 Transcription factor footprinting analysis Transcription factor footprinting analysis 이전 글에서 ATAC-seq을 높은 coverage로 읽게 되면, transcription factor들의 정보들까지 얻을 수 있다고 하였다. 그게 어떻게 가능한 걸까? ATAC-seq으로 얻은 read들은 histone 단백질에 느슨하게 감싸져 있는 open chromatin region들로, 이 영역에 존재하는 motif 서열을 유전자 조절에 중요한 역할을 하는 단백질이 인식하여 binding 할 수 있게 된다. 이렇게 단백질이 binding 하면 이 영역은 open chromatin region에 비해 “상대적으로” tagmentation이 덜 일어나게 되고, 이는 sequencing alignment 결과에서 움푹 들어간.. 2024. 2. 5. 이전 1 다음
