ATAC-seq2 Transcription factor footprinting analysis Transcription factor footprinting analysis 이전 글에서 ATAC-seq을 높은 coverage로 읽게 되면, transcription factor들의 정보들까지 얻을 수 있다고 하였다. 그게 어떻게 가능한 걸까? ATAC-seq으로 얻은 read들은 histone 단백질에 느슨하게 감싸져 있는 open chromatin region들로, 이 영역에 존재하는 motif 서열을 유전자 조절에 중요한 역할을 하는 단백질이 인식하여 binding 할 수 있게 된다. 이렇게 단백질이 binding 하면 이 영역은 open chromatin region에 비해 “상대적으로” tagmentation이 덜 일어나게 되고, 이는 sequencing alignment 결과에서 움푹 들어간.. 2024. 2. 5. Chromatin accessibility Chromatin accessibility. DNA가 histone 단백질에 느슨하게 감싸져 있는 부분을 open chromatin region, 그리고 단단하게 감싸져 있는 closed chromatin region으로 나누어 생각할 수 있다. 이러한 DNA의 packaging 정도는 유전자 조절에서 중요한 역할을 하는 다양한 단백질들이 DNA motif 서열들과 binding 하는데 관여하며, 따라서 chromatin accessibility는 유전자 조절에서 중요한 역할을 한다. Genome 상에서 이러한 영역을 알아내기 위하여 DNase-seq, ATAC-seq과 같은 기술들이 발전해 왔으며 Chromatin accessibility는 특정 motif나 단백질에 대한 정보 없이 분석이 가능하기 때.. 2024. 2. 2. 이전 1 다음
