Transcription factor footprinting analysis

Transcription factor footprinting analysis

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

이전 글에서 ATAC-seq을 높은 coverage로 읽게 되면, transcription factor들의 정보들까지 얻을 수 있다고 하였다. 
그게 어떻게 가능한 걸까? 
ATAC-seq으로 얻은 read들은 histone 단백질에 느슨하게 감싸져 있는 open chromatin region들로, 이 영역에 존재하는 motif 서열을 유전자 조절에 중요한 역할을 하는 단백질이 인식하여 binding 할 수 있게 된다. 이렇게 단백질이 binding 하면 이 영역은 open chromatin region에 비해 “상대적으로” tagmentation이 덜 일어나게 되고, 이는 sequencing alignment 결과에서 움푹 들어간 형태로 나타난다 (그래서 발자국이라는 표현을 사용한다). 이렇게 움푹 들어간 영역의 DNA 염기서열을 알려진 transcription factor binding database (e.g.JASPAR)와 비교하여 motif의 정보까지 얻을 수 있으며, 이를 바탕으로 open chromatin region에서 유전자 발현에 관여하고 있는 transcription factor들의 정보까지 알아낼 수 있다. 

 

 

생물정보학은 현상을 더 큰 시각으로 바라보게 하는 것 같다.

이 overview에 압도되지 않고 functional 한 영역까지 채워나간다면 앞으로 더 재미있는 일들이 많이 벌어질 것 같다.