Hi-C experiments_library prep

Hi-C experiments_library prep

Hi-C 실험의 경우 library를 준비하는 과정과, 그것을 sequencing 하고 데이터를 분석하는 과정으로 나눌 수 있으며, 
그 시작인 library prep 과정을 살펴보고자 한다. 

교수님 께서 Arima Genomics의 Hi-C library kit를 Grant를 통해 제공받았다.

처음 Hi-C library를 제작하여 보았지만 established 된 protocol로 인해 전체 실험 과정에 있어서 솔직하게 어려운 부분은 없었고,

중간중간의 QC step으로 인해 제대로 가고 있는지에 대한 방향성을 확인할 수 있었다.

https://arimagenomics.com/

위는 전체적인 실험 과정의 그림이다.

1. 우선은 순수한 DNA를 얻기 위해 조직을 liquified nitrogen에서 갈아 주었고, 이후에 formalin을 통해 DNA를 crosslink 시켰다.
2. 이후 MboI과 HinfI 제한효소를 통해 DNA를 절단하였고, 절단 부위에 biotin으로 marking 한 이후 ligation을 진행하였다.
   (이 과정에서 절단 부위가 물리적으로 가까울 경우 더 ligation이 더 잘 일어난다.)
3. 이후 ligation 된 DNA 조각들을 short read sequencing에 적합한 사이즈로 Covaris sonicator를 통해 shearing을 진행하고,
   size selection으로 통해 약 200~ 600bp 사이의 의 DNA만을 골라낸다.
   (short read의 illumina sequencing plateform을 사용하기 때문에 fragmentation 시켜주어야 한다.)
4. 이후 biotin binding bead를 통해 ligation 이 된 DNA만을 pull down 한다.
5. 이제 sequencing을 위한 adpater를 5’과 3’ end에 붙여주고 purification 과정을 거치게되면 library prep이 종료된다.

중간중간에 tape station을 통해 DNA size distribution을 확인해야 하며, Qubit을 통해 DNA의 양을 아주 정확하게 측정하는 것이 중요하다.

1 and 2 step

3,4,5 step에서 보이는 DNA distribution

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사용한 Protocol에 대한 자세한 정보는 이곳에서 찾아 볼 수 있다.

1. User-Guide-Arima-HiC-for-Animal-Tissues / (조직의 type에 따라서 protocol이 달라지니 참고 할 것)
2. User-Guide-Library-Preparation-using-Arima-Library-Prep-Kit