전체 글180 24.03.19 산과 들판에 눈이 녹으면서 봄이 오기 전 다시 가을이 찾아왔다. 그리고 드러난 마른 나뭇잎과 간신히 매달린 잎새들만큼 생각이 많아졌다. 나눌 수 없는 마음의 추는 멈춰있는 나의 마음과 달리 시간이 지나 무게를 더할 뿐이다. 세상에서 지워지고 싶은 마음은 오만했고, 괜찮을 거란 생각은 허울뿐이었다. 뒤집힌 인연의 시간은 푸른 눈일까 아니면 검은 눈일까? 한 잎 낙엽으로 떨어지는 소리에 귀 기울이며 스스로 만족하는 마음속의 풍경 소리를 찾아서 -1378 2024. 3. 20. 24.03.16 시간에 대한 강박이 아주 강했던 시절이 있었다. 분자 생물학 실험은 대부분은 연속된 실험들이 결과를 만들어 내는 경우가 많다. 따라서 실험 스케줄을 어떻게 잡느냐에 따라 전체 실험이 깔끔하게 3일 만에 끝날수가 있는가 하는 반면, 하루 어떤 스텝을 하지 않는 것이 2-3일의 딜레이를 가져오기도 한다. 그러다 보니, 하루하루 실험실에 나와서 조금이라도 빨리 결과를 보고자 하는 마음이 너무 강했다. 그렇게 나의 시간이 프로토콜에 갇히거나, E.coli의 growth에 맞춰지기도 하고, 세포나 바이러스의 replication에 맞춰지기도 하였다. 하지만, 나의 빠르게 실험을 하는 것보다, 다 같이 결과를 향해 나아가는 환경에서 생활을 하다 보면서 나의 시간에 대해 다시금 생각해 보게 되었다. 빠르게 여러 개의.. 2024. 3. 17. 24.02.10 내일은 해야 할 일이 많은데 불면의 밤은 찾아왔고 하얗게 내려앉은 창밖의 눈들이 고요히 우는데 아름다운 사진과 향기로운 편지 위로 대상을 잊은 채 남은 그리움과 스스로를 가둔 마음 그리고 . 길었던 문장의 호흡은 아직도 가쁘다. 그럼에도 남은 숨으로 안녕과 평안을 바란다. ——— 1342 2024. 2. 12. Transcription factor footprinting analysis Transcription factor footprinting analysis 이전 글에서 ATAC-seq을 높은 coverage로 읽게 되면, transcription factor들의 정보들까지 얻을 수 있다고 하였다. 그게 어떻게 가능한 걸까? ATAC-seq으로 얻은 read들은 histone 단백질에 느슨하게 감싸져 있는 open chromatin region들로, 이 영역에 존재하는 motif 서열을 유전자 조절에 중요한 역할을 하는 단백질이 인식하여 binding 할 수 있게 된다. 이렇게 단백질이 binding 하면 이 영역은 open chromatin region에 비해 “상대적으로” tagmentation이 덜 일어나게 되고, 이는 sequencing alignment 결과에서 움푹 들어간.. 2024. 2. 5. 이전 1 2 3 4 ··· 45 다음