전체 글182 24.02.10 내일은 해야 할 일이 많은데 불면의 밤은 찾아왔고 하얗게 내려앉은 창밖의 눈들이 고요히 우는데 아름다운 사진과 향기로운 편지 위로 대상을 잊은 채 남은 그리움과 스스로를 가둔 마음 그리고 . 길었던 문장의 호흡은 아직도 가쁘다. 그럼에도 남은 숨으로 안녕과 평안을 바란다. ——— 1342 2024. 2. 12. Transcription factor footprinting analysis Transcription factor footprinting analysis 이전 글에서 ATAC-seq을 높은 coverage로 읽게 되면, transcription factor들의 정보들까지 얻을 수 있다고 하였다. 그게 어떻게 가능한 걸까? ATAC-seq으로 얻은 read들은 histone 단백질에 느슨하게 감싸져 있는 open chromatin region들로, 이 영역에 존재하는 motif 서열을 유전자 조절에 중요한 역할을 하는 단백질이 인식하여 binding 할 수 있게 된다. 이렇게 단백질이 binding 하면 이 영역은 open chromatin region에 비해 “상대적으로” tagmentation이 덜 일어나게 되고, 이는 sequencing alignment 결과에서 움푹 들어간.. 2024. 2. 5. Chromatin accessibility Chromatin accessibility. DNA가 histone 단백질에 느슨하게 감싸져 있는 부분을 open chromatin region, 그리고 단단하게 감싸져 있는 closed chromatin region으로 나누어 생각할 수 있다. 이러한 DNA의 packaging 정도는 유전자 조절에서 중요한 역할을 하는 다양한 단백질들이 DNA motif 서열들과 binding 하는데 관여하며, 따라서 chromatin accessibility는 유전자 조절에서 중요한 역할을 한다. Genome 상에서 이러한 영역을 알아내기 위하여 DNase-seq, ATAC-seq과 같은 기술들이 발전해 왔으며 Chromatin accessibility는 특정 motif나 단백질에 대한 정보 없이 분석이 가능하기 때.. 2024. 2. 2. Higlass-Ensembl annotation 몇 번 삽을 퍼다 해결하여 정리를 해본다. Genomics에서 gene annotation data는 크게 미국(NCBI)과 유럽(Ensembl)으로 나뉘는 것 같다. 이전에는 NCBI만 사용하지 않았는데, 몸이 유럽에 있어서 그런 걸까? Ensembl이 이제는 더 익숙해졌다. (그리고 Ensembl의 data update 속도가 NCBI refgene 보다 훨씬 빠르다.) 무엇이 익숙한가 보다 더 큰 숙제는 두 개의 annotation algorithm이 일치하지 않기 때문에 항상… 두 개를 같이 보는 습관을 두는 것이 좋다고 생각한다. (NCBI:Refseq / Ensembl: Genebuild) Hi-C data를 Higlss에 upload 하고 gene annotation track을 입히는데, .. 2024. 1. 30. 이전 1 2 3 4 5 ··· 46 다음
