실험실/Ph.D in Norway15 Orion High Performance Computing (OHPC) 연구원으로 있는 NMBU (Norwegian University of Life Sciences)에는 bioinformatic 분석을 위해 cluster를 구축하고 있으며, 현재 1680개의 CPU와 12T의 Ram 그리고 1 petabyte의 저장 공간을 가지고 있다. CIGENE computational unit | CIGENE Orion이라 부르는데 (data를 사냥하는 목적이라 그런가…? 이름의 기원은 모르겠다.), 거대 데이터 분석에 대한 전문 지식이 전혀 없는 상태에서 시작하다 보니 정말 복잡하였지만, 이제는 조금 편해진 이 Orion에 대해 이야기 해보고자 한다. Orion은 Linux 기반 서버로, 자신의 computer에서 secure shell (SSH)을 이용하거나 JupyterHub를.. 2023. 7. 24. Standing at the boundary between wet and dry laboratory area Sequencing 기술들의 발달과 함께, high troughput data들이 넘쳐나는 시대이다. 석사, 박사를 하는 과정에는 막연하게 어렵게만 느껴졌었고, 더군다나 draft만 존재하고 reference genome이 없는 model organism이었기 때문에 접근할 수 있는 방법도 제한적이었다고 볼 수 있겠다. 하지만 이제는 수많은 종들의 chromosome level의 whole genome sequencing data가 publish 되고 있으며, 점점 낮아지는 short read와 long read sequencing price는 앞으로 genomics 연구들을 가속화할 것으로 생각된다. 이전까지 genomic data의 크기나 분석에 필요한 resource들이 얼마나 요구되는지에 대해 전.. 2023. 5. 23. 22.11.25 노르웨이에 온 지 벌써 6개월이라는 시간이 지났고, 이번 주부터 눈이 내리기 시작하였다. 주변의 동료 연구자들이 이야기하는 노르웨이의 겨울은 혹독하다고 하는데, 그 서막은 세상이 하얗게 변해 가는 것으로 시작되고 있다. 그동안 업데이트가 왜 이렇게 늦었냐고 묻는다면, 노르웨이에서의 삶은 지금껏 한국에서 하고 싶은 것만 하면서 살던 한국에서의 삶과는 거리가 멀고, 많은 것들을 스스로 해야 하는데, 나는 전혀 그것에 준비되어 있지 않았기 때문이라 답하고 싶다. 수많은 것들 중에서 가장 큰 부분은 끼니였다. 나에게 밥은 에너지를 얻기 위한 수단일 뿐이라, 가리지 않고 주는 대로 잘 먹었다. 그래서 시간을 들여 신선한 식재료들을 사고, 그것들로 요리를 해서 건강을 챙기는 것과는 달리 식사는 100% 밖에서 해결.. 2022. 11. 27. 22.09.04 노르웨이에 온 지 어느덧 100일이라는 시간이 지났다. 지난 시간들이 어떻게 지나갔는지 모르겠고, 지쳐 쓰러져서 집에 돌아오면 잠들기 바빴던 것 같다. 나는 내가 노르웨이에서 생활을 잘할 거라 생각했다. 막연한 자신감이 아니라, 히라가나 카타카나를 배우고 일본으로 교환학생을 가서, 1년이란 짧은 시간동안 많은 사람들을 만나고 재미있는 추억을 쌓고 돌아온 기억이 있었기 때문에 외국 생활에 대한 두려움이나 걱정 따위는 없었다. 그런데 내가 간과한 부분이 있었다. 일본은 비행기를 타고 눈 깜짝할 사이에 도착하지만, 노르웨이는 비행기에서 자고 자도 도착하지 않는, 머나먼 타지였다. 그리고, 어렸을 때 교환학생으로 일본에서 생활하는 것과, 포닥이라는 직업으로 노르웨이에서 생활하는 것은 어깨에 놓인 짐의 무게가 달.. 2022. 9. 5. 이전 1 2 3 4 다음
