전체 글156 Higlass-Ensembl annotation 몇 번 삽을 퍼다 해결하여 정리를 해본다. Genomics에서 gene annotation data는 크게 미국(NCBI)과 유럽(Ensembl)으로 나뉘는 것 같다. 이전에는 NCBI만 사용하지 않았는데, 몸이 유럽에 있어서 그런 걸까? Ensembl이 이제는 더 익숙해졌다. (그리고 Ensembl의 data update 속도가 NCBI refgene 보다 훨씬 빠르다.) 무엇이 익숙한가 보다 더 큰 숙제는 두 개의 annotation algorithm이 일치하지 않기 때문에 항상… 두 개를 같이 보는 습관을 두는 것이 좋다고 생각한다. (NCBI:Refseq / Ensembl: Genebuild) Hi-C data를 Higlss에 upload 하고 gene annotation track을 입히는데, .. 2024. 1. 30. Hi-C experiments_Bioinformatic analysis_#1 최근 애플에서 비전프로라는 제품을 발표하면서, 공간 컴퓨팅 (spatial computing)이라는 단어를 강조하였다. 나는 그걸 들으면서, Hi-C가 떠올랐는데, 알다시피 DNA는 linear 한 것이 아니라 접혀있고, 구부러져 있고 하기 때문에 공간적으로 바라볼 필요가 있으며, Hi-C는 이러한 DNA를 평면상이 아닌 삼차원에서 보기 위한 하나의 분석 방법이라 보면 된다. Hi-c library를 제작하였으면 이를 sequencing 하여야 한다. 150bp short read pair-end로 읽을 것이며, 원하는 실험의 목적에 맞게 sequencing depth로 읽어 주면 된다. 더 높은 resolution의 정보를 얻고 싶다면, 더 많이 읽으면 된다 (돈을 더 쓰면 된다.) 실험 species.. 2024. 1. 21. 2023.12.10 2022년 5월 25일 CIGENE에 처음 왔을 때, 나를 반갑게 맞아 주었던 office mate가 떠났다. x는 사교성이 뛰어나거나 말이 많이 않은 나에게 항상 먼저 다가와 자신의 이야기를 하며 office의 분위기를 밝혀주던 사람이었고, 그렇기에 이곳 생활을 적응하는데 많은 도움을 받았다. 때때로 x와의 이야기를 통해 아카데믹에서 정년이 보장되어 있지 않은 박사 후연구원의 포지션은 어느 곳이던 불안정하고, 특히나 출산과 육아 과정을 지나면서 경력 단절을 겪는 여성과학자에게 이 시기가 더욱 크게 다가오겠다는 생각을 하였다. 그리고 x가 떠나는 것을 보면서 나의 미래에 대해 조금 진지하게 생각하는 계기가 되었다. 때때로 사람들이 나에게 한국으로 돌아가고 싶냐고 물어보면, 항상 잘 모르겠다고 답하였다. .. 2023. 12. 16. 23.11.25 어쩌다 보니 생일날 친구들을 오슬로에서 만나게 되었다. 비슷한 시기에 박사 과정들을 마치고는 각각 덴마크, 노르웨이-오슬로, 노르웨이-베르겐에서 포닥을 하고 있는 세 명이 모이니 하루종일 앉아서 이야기를 할 수 있었다. 그중에 한 친구가 나에게 이전보다 밝아 보인다는 말이 조금 위로가 되었다. 그 친구는 내가 노르웨이에 온 지 3개월, 6개월에 잠깐 만난 적이 있었고 이번이 1년 반이 지난 시점이었기 때문에, 이곳의 삶에 적응하는 과정의 단편 속에서 풍기는 느낌들을 이해했을 것 같았다. 셋 중에 나만 오롯이 혼자의 시간들을 감내하면서 한국에도 한번 안 들어간 사람이었는데, 이 모든 시간들이 나를 더 단단하게 만들었으리라 생각한다. 조금 더 나를 발전시키고, 2년이 지나는 내년 여름에는 한국에 돌아가서 사.. 2023. 12. 1. 이전 1 2 3 4 5 6 7 8 ··· 39 다음
