실험실/실험(Experiments)17 Higlass Hi-C data를 처음 다룰 때 보면 너무나도 다양한 tool들이 있어 머리가 좀 복잡해지지만, 읽다 보면 Jucier를 이용하거나 또는 Hic-pro를 이용하는 크게 두 가지 갈래로 나누어지는 것 같다. 둘 다 reference genome의 여러 bin으로 표시한 다음, Bowtie2를 이용하여 PE(pari-end) read를 붙이고, 그 bin 내부 또는 bin과 bin 사이의 interaction을 counting 하고 visualization 하는 형식이다. 따라서 설정하는 bowtie2의 parameter에 따라 binding 정도가 달라지며 그 결과는 QC results에서 확인할 수 있다. Pipeline analysis가 끝났을 때 Jucier의 경우 contact map output.. 2023. 8. 18. Hi-C experiments_library prep Hi-C experiments_library prep Hi-C 실험의 경우 library를 준비하는 과정과, 그것을 sequencing 하고 데이터를 분석하는 과정으로 나눌 수 있으며, 그 시작인 library prep 과정을 살펴보고자 한다. 교수님 께서 Arima Genomics의 Hi-C library kit를 Grant를 통해 제공받았다. 처음 Hi-C library를 제작하여 보았지만 established 된 protocol로 인해 전체 실험 과정에 있어서 솔직하게 어려운 부분은 없었고, 중간중간의 QC step으로 인해 제대로 가고 있는지에 대한 방향성을 확인할 수 있었다. 위는 전체적인 실험 과정의 그림이다. 우선은 순수한 DNA를 얻기 위해 조직을 liquified nitrogen에서 갈아.. 2023. 7. 27. Chromosome conformation capture_#1 우선 데이터 분석에 앞서, Chromosome conformation capture이 무엇이고 왜 중요한지에 대해 이야기하고자 한다. 지난 수십여 년간 엄청난 발전을 거듭하고 있는 sequencing technology들로 인해 우리는 유전자 서열에 대한 정보를 높은 해상도로 이해하기 시작하였다. 그로 인해, 유전자 염기서열의 변이들이 미치는 영향들에 대해 많은 정보들 얻게 되었지만 더불어 염기 서열의 특성이나 후성유전학으로 설명하기 어려운 현상들 또한 발견하게 되었다. 특히 인간 전체 염기서열의 98%를 차지하는 non-coding region에서 일어나는 변이가 어떠한 원인으로 표현형에 영향을 미치는지에 대해 많은 노력을 기울이기 시작하였다. 그러면서 promoter, enhancer, motif 등.. 2023. 7. 23. Bioinformatic 처음 NGS가 나왔을 때, 비용-복잡한 분석으로 인해 접근하기 어려웠다면 지금은 상당히 가격도 내려오고 많은 tool들이 나와있어 실험실에서 PCR하고 Gel을 내리는것 마냥 NGS가 대중화 되지 않을까? Sequencing 기술들이 엄청나게 발전하고 있으니 그 속도는 점점 빨라지지 않을까? 그리고 언젠가는 qPCR은 옛날 기술처럼 되어 버리고, RNA-Seq으로 분석이 이루어 지지 않을까? 라는 생각들을 해보았다. NGS가 모든 것을 해결해주는 것은 아니지만 하나의 가치 있는 tool로 좀 다룰 줄 알면 좋겠다는 생각으로 다시 bioinformatic 공부를 시작했다. 내가 처음 맥을 샀던 이유가 유닉스 운영체제라 윈도우보다는 조금 접근성이 더 좋지 않을까? 하는 생각도 한스푼 정도는 있었는데, 그때는.. 2021. 8. 18. 이전 1 2 3 4 5 다음
