본문 바로가기

실험실/실험(Experiments)17

선배, ligation이 안되는데요? 분자생물학 실험을 하다보면 vector를 제작하여 실험에 사용하게 되는 일이 생기기 마련이다. 요즘은 In fusion cloning이니, overlap cloner니, gibson assembly니 여러가지 vector를 조각내어 붙이는 기술들이 많이 있지만 (이것들도 시간이 나면 썰을 풀도록 하겠다), 그 이전까지만 해도 제한효소를 처리하여 잘라내는 것이 대부분 이었다. 그러면 다음과 같은 지루한 싸움이 시작된다. 1) Restriction enzyme을 고른다, - 이때, 내가 넣으려는 backbone vector에는 존재하지 않는, non-cutter들을 찾아 주고, 혹시나 두 enzyme이 compatible sticky end를 가지는지 확인을 꼭 해줘야 한다. 예를 들어, NheI 과, Xb.. 2020. 11. 23.
PCR-LFA Papers Feed를 하는데 최근에 재미있어 보이는 technique으로 실험 한 논문이 있어서 정리해 두려고 한다. 간단하게 3장의 사진으로 모든게 설명이 가능한데, Forward primer랑, reverse primer를 각각 FITC or Biotin이 label 되도록 design 한다. 우리가 원하는 target template가 있으면, FITC와 Biotin 둘다 가지는 PCR product가 만들어 지게 될 것이다. 그럼 이 녀석을 어떻게 detection 할 것인가? 마치 임신 테스트기 같은데, 임신 테스트기는 임신시 여성의 소변에 증가하는 호르몬을 잡아 주어 표시하는 거지만, 이 경우는 label된 DNA를 항원 항체로 잡아 준다고 보면 된다. FITC를 잡아주는 항체를 conjug.. 2020. 9. 15.
RSS를 이용한 pubmed논문 구독 보통의 많은 연구자들은 석사, 박사의 학위과정을 지나, 포닥을 하고 자리를 잡아 계속해서 공부를 하게 되면서 나의 전공 분야라는 것이 생긴다. 그러면 자연스럽게 비슷한 소재들로 연구를 하는 집단들이 눈에 들어오게 되고, 내가 잘할 수 있는 분야, 내가 관심이 있는 분야 등등 이 생기면서 방대한 논문들을 찾아보게 될 것이다. 그러면 1년에도 수백 편의 논문이 쏟아지는 학계에서 매일매일 관련 키워드로 구글링을 하는 것은 아주 시간을 소모하는 일이다. 내가 관심 있는 주제에 대해 빠르게 피드백을 받을 수 있는 방법은 무엇일까? 바로 RSS를 이용하여 pubmed에서 논문을 구독하는 것이다. 물론 Pubmed에서 검색되지 않는 자료들도 있지만, 거의 대부분의 논문들이 등록되며 인터페이스도 쉽기 때문에 이를 이용.. 2020. 5. 10.
MTT assay MTT assay를 가장 많이 사용 하게 되는 부분은 아마 세포 증식일 것이다. 세포를 trypan blue로 염색해서 hemocytometer로 counting하는 것은 샘플이 한 두개면 간단하지만, 많으면 노동 집약적이고, 핸들링에 의한 variation이 생길 수 있다. MTT assay는 tetrazolium salt가 세포의 미토콘드리아의 전자전달계 과정에 존재하는 탈수소효소에 의해 분해시 formazan을 생성하는 원리를 이용하여 정량 평가하는 방법이다. 2020. 3. 21.

티스토리툴바